شرکت دانش‌بنیان همان‌طور که از نامش پیداست، شرکتی است که دانش و فناوری جزء جدایی‌ناپذیر آن است. معمولا اعضای هیئت علمی دانشگاه‌ها، پژوهشگران و نخبگان علمی، برای تجاری‌سازی دانش و فناوری خود به دنبال ثبت شرکت دانش‌بنیان هستند.

شرکت دانش‌بنیان قالب مجزایی از شرکت‌های تجاری نیست. در واقع با ثبت یکی از انواع شرکت‌های تجاری (غالبا سهامی خاص و با مسئولیت محدود) اولین قدم برای ثبت شرکت دانش‌بنیان برداشته شده است. سپس در صورت داشتن شرایط قانونی، با مراجعه به سامانه ثبت‌نام شرکت‌های دانش‌بنیان، شرکت وارد فرآیند ارزیابی شده و در صورت تایید صلاحیت، تاییدیه یکی از انواع شرکت‌های دانش‌بنیان را دریافت می‌کند.

شرکت‌ها با گرفتن تاییدیه دانش‌بنیان از مزایایی برخوردار می‌شوند،که البته این مزایا با توجه به انواع شرکت‌های دانش‌بنیان با هم متفاوت‌اند. برخی از این مزایا عبارت‌اند از:

• تسهیلات مالی صندوق نوآوری شکوفایی
• معافیت گمرکی
• حمایت از ساخت کالاهای داخلی شرکت دانش‌بنیان
• تسهیلات سربازی افراد شاغل در شرکت‌های دانش‌بنیان و فناور
• استقرار در کاربری مسکونی شهر تهران
• واگذاری اراضی شهرک‌های صنعتی
• و ...

ارزیابی شرکت‌های دانش‌بنیان بر اساس کالاها و خدماتشان صورت می‌گیرد. ویژگی‌های مورد نیاز این کالاها و خدمات شامل موارد زیر است:

۱) سطح فناوری بالا یا متوسط به بالا: به این معنا که کالا یا خدمت ارائه شده:

الف- به‌سختی قابل کپی‌برداری بوده و کسب آن از موانع اصلی ورود شرکت‌های دیگر به بازار باشد.

ب- نیازمند تحقیق و توسعه قابل‌توجه، توسط گروه فنی خبره برای کسب آن باشد.

ج- منجر به ایجاد خواص یا کارکردهای پیچیده‌ای در محصول شده باشد.

۲) مرحله تولید: کالاهای ارائه شده،‌ باید در حال تولید بوده یا حداقل در حد نمونه آزمایشگاهی (دارای قابلیت بررسی فنی)‌ ساخته‌شده باشند، همچنین خدمات، باید دارای اسناد فروش باشند.

۳) تسلط بر دانش فنی: طراحی محصولات یا خدمات باید بر‌ اساس یکی از روش‌های زیر یا ترکیبی از آن‌ها باشد:
الف- طراحی داخلی
ب- مهندسی معکوس
ج- انتقال فناوری به همراه ایجاد تغییرات اساسی

شرکت‌های دانش‌بنیان براساس نوع و میزان فعالیت خود به ۴ نوع تقسیم می‌شوند و بهره‌مندی از مزایا بستگی به این دارد که شرکت دانش‌بنیان از کدام نوع باشد. انواع شرکت‌های دانش‌بنیان عبارت‌اند از:

• نوپا نوع ۱ : این نوع شرکت‌ها به تازگی فعالیت خود را شروع کرده‌اند و بدون اظهارنامه مالیاتی سال مالی گذشته هستند یا درآمدی از آن نداشته‌اند و باید کالا و خدمات تولیدی خود را حداقل در حد نمونه آزمایشگاهی با سطح فناوری بسیار بالا (ارزش افزوده و پیچیدگی فنی بالا)، تولید و ارائه کنند.
• نوپا نوع ۲ : این نوع شرکت‌ها نیز بدون اظهارنامه مالیاتی سال مالی گذشته هستند یا درآمدی نداشته‌اند و باید کالا و خدمات تولیدی خود را حداقل در حد نمونه آزمایشگاهی با سطح فناوری نسبتا بالا (ارزش افزوده و پیچیدگی فنی کمتر)، تولید و ارائه کنند.
• تولیدی نوع ۱ : در این نوع شرکت، حداقل ۲۵ درصد از درآمد آخرین اظهارنامه مالیاتی باید ناشی از فروش کالا یا خدمات دانش‌بنیان با سطح فناوری بسیار بالا باشد. 
• تولیدی نوع ۲ : شرکت‌هایی که کالا یا خدمات را حداقل در حد نمونه آزمایشگاهی تولید و ارائه کنند.

اعتبار تاییدیه دانش‌بنیان شرکت­‌ها برای شرکت‌های «نوپا نوع ۱» و «تولیدی نوع ۱» به مدت ۲ سال و برای شرکت‌های «نوپا نوع ۲» یا «تولیدی نوع ۲» به مدت ۳ سال است. برای تمدید زمان، مجددا شرکت باید مورد ارزیابی قرار بگیرد.

- تصویر آخرین اظهارنامه مالیاتی ارسالی به سازمان امور مالیاتی

- اقرارنامه

- تصویر کالا (لازم است شرکت برای تمامی کالاهای ثبت شده در سامانه عکس محصول را نیز بارگذاری نماید)

- تصویر مجوز/ تاییدیه کالاها (لازم است شرکت برای تمامی محصولات مجوزهای اخذ شده در خصوص محصول را نیز بارگذاری نماید.)

•  این قیمت به ازای یک محصول دانش‌بنیان است و در صورت اضافه شدن هر محصول، ۷۵۰٬۰۰۰ تومان به هزینه‌های فوق اضافه خواهد شد.